• 1951 жылы Алматы қаласы Денсаулық сақтау басқармасының №260 бұйрығымен №1 қалалық аурухананың онкологиялық бөлімшесінің негізінде Қалалық онкологиялық диспансер құрылды. Диспансердің бірінші бас дәрігері болып Лобанова Нина Георгиевна (1951-1963 ж.ж.) тағайындалды.
• 1963 жылы Республикалық және қалалық онкологиялық диспансерлер біртұтас қалалық онкологиялық диспансерге біріктіріліп, Өтепов көшесі, 3 мекенжайы бойынша орналасқан 3 қабатты жаңа ғимаратқа көшті.
• 1982 жылы диспансерде кеуде бөлімі және химиотерапия бөлімі ашылды.
• 2007 жылы патоморфологиялық зертхананың құрамында иммуногистохимиялық диагностика кабинеті ашылды. Бүгінде бұл заманауи құрал-жабдығы мен жоғары білікті зертхана мамандары бар иммуногистохимиялық зертхана.
• 2009 жылы сәулелік диагностика және сәулелік терапия бөлімі ұйымдастырылды, бұл «Gamma Med plus» гамма-терапевтік құрылғысында жоғары дозалы иондаушы сәулелену көзі бар қуысішілік және тінішілік сәулелік терапия үшін жоғары технологиялық жабдықты пайдалануға мүмкіндік берді.
• Сәулелік диагностика және сәулелік терапия бөлімінде 2015 жылы Қазақстанда алғаш рет инновациялық технология – интраоталық сәулелік терапия қолданыла бастады.
• 2019 жылдың сәуір айында жаңа радиологиялық корпус пайдалануға берілді, онда елдегі ең заманауи желілік үдеткіш «TrueBeam STX» орнатылды.
• 2018 жылдың маусым айында Папанин көшесі, 220, А литері мекенжайына Алматы №4 қалалық клиникалық ауруханасының базасына уақытша көшірілді.

Бүгінде Алматы онкологиялық орталығы - әлемдік медицинаның инновациялық әдістері мен жетістіктерін пайдалана отырып, онкологиялық науқастарға мамандандырылған медициналық көмек көрсететін заманауи медициналық мекеме.

Орталықта 600-ден астам қызметкер жұмыс істейді, соның ішінде 2 медицина ғылымының докторы, 8 медицина ғылымдарының кандидаты, 3 PhD докторы, 10 денсаулық сақтау магистрі бар, медицина қызметкерлерінің 70%-дан астамы біліктілік санатына ие.

2019 және 2020 жылдардың қорытындысы бойынша Алматы онкологиялық орталығы Қазақстанның онкологиялық ұйымдарының рейтингінде үздік деп танылды.